Pas vdekjes së bashkëshotit të saj në 1604, filluan të dalin thashetheme mbi mizoritë e saj. Megjithë zërat mbi vrasjen e grave fshatare që me sa duket ishin injoruar, ky skandal doli në pah pas pretendimeve në vitin 1609 se ajo kishte vrarë femra edhe nga familje fisnike, të cilat patjetër që tërhoqën vëmendjen e parisë. Kushëriri i saj, György Thurzó, palatinë i Hungarisë, u urdhërua nga Matthias, atëherë mbreti i Hungarisë, për të hetuar. Ai më pas e akuzoi, pasi mori deponime nga njerëzit që jetonin në zonën përreth tokave të saj, që Báthory kishte torturuar dhe vrarë më shumë se 600 vajza me ndihmesën e shërbëtorëve të saj. Më 30 dhjetor 1609, Báthory dhe shërbëtorët e saj u arrestuan. Shërbëtorët u gjykuan në 1611 dhe u ekzekutuan që të tre. Megjithëse zyrtarisht nuk u provua kurrë, Báthory u mbyll në dhomat e saj në Castle Cachticederi në vdekjen e saj.